La Sezione di Ferrara, inizialmente gruppo collegato della sezione di Bologna, nasce nel 1989. L'attività iniziale riguarda esperimenti con acceleratori ma in questi trent'anni è cresciuta ed è attiva in tutte gli aspetti di ricerca in cui è impegnato l'ente: fisica di base, fisica applicata, fisica teorica, sviluppo di rivelatori innovativi. Tra gli esperimenti che hanno visto la partecipazione dei ricercatori della Sezione vi sono esperimenti negli Stati Uniti (SLD, BaBar, E760, E835, JLab12, Dune, ecc. presso laboratori quali Fermilab, SLAC, Jefferson Lab), al CERN di Ginevra (R704, Charm, Chorus, NA48, NA62, LHCb), in Germania (Hermes a DESY, Panda a GSI, Jedi a Juelich), in Cina (BES-III), su satellite (Euclid, Litebird), oltre che esperimenti condotti in Italia nei laboratori dell'Ente a Frascati, Gran Sasso e Legnaro (Fenice, Traprad, Francium, Borexino, Xenon, ecc.). Le lavorazioni necessarie a partecipare a questi esperimenti hanno richiesto l'uso sia di strumentazione all'avanguardia in campo meccanico/elettronico che di ambienti altamente controllati (camere bianche o camere pulite).